台大官網在“台大校史•曆任校長姓名與任期”專欄中評價傅斯年：“性格勇決果斷，於動蕩的年代，能極力穩定困難的校務，開創台大自由、自主與學術獨立的校風，為台大樹立不同的典範與奉獻的精神。”
台大又在其《2014學年度台灣大學概況》進一步介紹，傅斯年所奠立的台大精神有三條，其中第二條是“堅定捍衛大學自主與學術自由的原則，校務以專業精神為準，絕不受大學以外任何勢力乾涉，杜絕關說與舞弊。”
蔡元培時代的北大，與台大可謂是一脈相承，而連結這兩校精神紐帶的核心人物便是傅斯年。
蔡元培時代的北大最引人注目的是大學自主與學術自由。特彆是五四運動後，北京學界呈現出更加自由、活躍的局麵，各種思想廣為傳播，各類團體爭先湧現。蔡元培照樣是“兼容並包”， 於是北大張開大海一樣的胸懷。
胡適、陶行之等，簇擁著他們的美國老師杜威博士，四處講學。
信奉俄國布爾什維克的李大釗從1920年起任教授，公開的講授馬克思主義政治經濟學和唯物史觀 。
新文化運動中成長起的一代文豪魯迅，正式受聘於北大，在北大講台宣講他的獨步文壇的中國小說史。
“隻手打倒孔家店的老英雄”吳虞，也走出四川盆地來到最高學府，繼續點評他的先秦諸子。
就連從官場上被迫退下來而轉向學術研究並成果不斐的梁啟超，也時常來北大校園登台演說。
……
那時候的北大，真可謂是百花齊放，百家爭鳴。一個這樣的大學怎麼能不充滿活力，怎麼會不出人才。民國的天才成群結隊，和這樣的北大不無關係。一個學校，乃至一個國家，一個社會，搞思想一統，注定會死氣沉沉。
傅斯年是北大蔡元培時代的親曆者、見證者，也說得上是參加者和受益者。風雲際會，他帶頭組織新潮社、創辦《新潮》雜誌，發表了大量鼓動新文化、新思潮的文章，同其師長陳獨秀、胡適他們一同造成時勢，開創了新時代。蔡元培先生“兼容並包，思想自由”的觀念，以及“教授治校，學生自治”這一套製度已經植根於他的生命深處。
傅斯年主持台灣大學校務，就是以北京大學為藍本，以學術自由為立校之本，以教育自主為活水之源，校長的任務就是堅守這個“本”、“源”。他說：“大學是個教授集團，不是一個衙門，照大學法，校長雖然權力甚大，然我為學校之前途計，決不能有極權主義的作風。”
1949年11月15日，傅斯年在台灣大學第四次校慶上演說，公開聲明“不許把大學作為任何學術以外的目的的工具”，“辦大學為的是學術，為的是青年，為的是中國和世界的文化，這中間不包括工具主義。”強調“台灣省既然回到祖國的懷抱，則台灣大學應該以尋求真理為目的，以人類尊嚴為人格，以擴充知識、利用天然、增厚民生為工作的目標。”
早在1932年，麵對國民黨在大學推行黨化教育或所謂三民主義教育，他就尖銳地指出：“教育如無相當的獨立，是辦不好的。”
在傅斯年做校長的時間裡，入學的台大學生可以不讀三民主義，也不要升旗，在此之前和此之後，這是不可想象的，可謂是空前絕後。
也是他的台大校長任上，台大政治係教授薩孟武一直放言無忌，批評國民黨的法統，播灑民主法治的種子，很多外係的學生都去他的課堂旁聽，影響越出了校園外，連他的口頭禪“因此他之故”也成了大家的口頭禪。薩孟武的言論自然讓國民黨當局頭疼不已，但因為有傅斯年在，他便可以在台大繼續教下去。
當時的台灣風雨飄搖，一切都沒有上軌道，社會上到處是不滿的情緒。當時國民黨殘餘政權尚未遷台，對學生的思想鉗製並沒有像後來那樣嚴密。那時的校園裡，一方麵是學生的左傾傾向，島上反內戰、反饑餓、反迫害的學生運動經常發生。有一段時間，校園裡跳起了秧歌舞，有學生還專門寫下《為什麼扭秧歌》的文章，還有人甚至撒發反政府的傳單。另一方麵還要抵擋來自當局的的政治壓力和社會上的各種攻擊。傅斯年恪守的一條底線就是大學的獨立與尊嚴。
1949年4月6日，傅斯年接到國民黨警備司令部的公文，指控14名學生“張貼標語、散發傳單，煽惑人心，擾亂秩序，妨害治安”等，第二天，警備司令部的名單上又擴大到23人之多，警備司令部要將他們拘捕，並進校抓人。這一天台北宣布戒嚴，“有幾處熱鬨區域，均斷絕交通”，一時風聲鶴唳，人心惶惶。
為了保護學生，傅斯年站了出出。在無力阻止警備司令部進校抓人情況下，4月7日，以台大行政會議上作出由校長本人向國民黨當局接洽的決定。
傅斯年隨即向以陳誠為省主席的行政當局提出四點要求：一、凡載在名單內之被捕學生，迅即移送法院審訊；二、凡不在名單內而被捕之學生，即予釋放；三、以後如不發生新事件，絕不再行拘捕學生；四、準許學校派人探視被捕學生。
當局以特殊時期為借口，下令實行聯保製度，一人因政治思想“不純正”被判罪，其他人都要連坐。麵對這樣的無理做法，傅斯年挺身而出，憤慨地對當局聲明，台大師生由他一人擔保，發生問題，他負全部責任。把台大的師生，置於自己的保護之下。
這一年的7月11日，一個叫葉青的國民黨高官，在《民族報》發表公開信，攻擊傅斯年主持下的台大“優待共產黨”。罪名一是台大教授李齊突然離開，未經係主任、院長同意，隻是留信一封，說是請假，傳聞先到香港，後到大陸。另一副教授張則是辦好了請假手續，送家眷去廣州，校方仍發薪水。二是法學院院長薩孟武“參共親共”、“台灣大學中有些院長和係主任還是共黨分子或親共分子，他們把持院係，排拒異己，正是把他們底院係變成共產黨細菌的溫床”。
7月14日，傅斯年在同一報紙發表《傅斯年校長的聲明》，一一予以駁斥，並斷然表示“學校不兼警察任務”、“但是我不兼辦警察，更不兼辦特工”。聲明義正詞嚴，將這無恥的公開信駁得體無完膚。
假如沒有傅斯年，台灣大學在那樣動蕩的時局中，想要在短時間中迅速崛起、發揚光大，奠定一個現代大學的基礎，是很難想象的。