人和人之間的感情，是個很難說清楚的事。應該說，傅斯年從沒做過什麼對不起李方桂的事，兩個人又都是品學出眾之一，但是，李方桂好像就是看傅斯年不怎麼順眼。
過去，關於李方桂對自己的不滿，傅斯年或許有所察覺，或許沒察覺到。但經曆過這次事後，傅斯年應該能有所感覺。
但傅斯年此人最可貴之處在於，即便是經過這樣的不愉快，並沒妨礙他對李方桂一如既往的支持、重用和尊重；更沒有妨礙他高度評價李方桂是‘少數民族語言學之父’，是用現代語言學理論和方法研究中國少數民族語言的開創者。
而李方桂雖然沒怎麼看好傅斯年這個人，也不妨礙他在很多方麵對傅斯年做出客觀的評價。比如，他常說，傅斯年這個所長從不乾預他的學術研究，在史語所他一直可以做他想做的事。須知，對於研究學問的學者，這一點至關重要。
南遷到昆明不久，傅斯年就兼任起了北京大學文科研究所代理所長。
北京大學文科研究所創立於1918年， 是以哲學社會科學學術研究和培養研究生為主的學術機構。
1920年公布的《研究所簡章》， 規定了研究所的性質是“仿德、美兩國大學之seiar 研究班 辦法， 為專攻一種專門知識之所” 。
盧溝橋事變後， 北京大學文科研究所的一切活動便被迫中止了。
抗日戰爭爆發後， 日本在對中國進行軍事侵略的同時， 也不斷進行文化侵略。 通過各種渠道，向中國人灌輸“中日親善”“日滿華一體”之類的奴化思想， 否定中華傳統文化， 破壞中國人的國家觀念和民族意識。
為應對日本的文化侵略， 南京國民政府訓令各教育和科研機構， 儘力遷入西南和西北的大後方， 繼續發展中國的科研和文化教育事業， 同時， 為弘揚愛國主義、提升民族自信心， 在全國範圍內開展了大規模的“中國本位文化建設運動”， 通過弘揚中國優秀的民族文化， 培養國民的愛國主義和民族精神。
1938年教育部專門頒布了《修正大學研究院暫行組織規程》， 再次重申了大學研究院“為招收大學本科畢業生研究高深學術”設立研究所的必要性。
此時， 政府將出國留學也納入為抗戰服務的政治戰略內， 該年頒布的《限製留學暫行辦法》規定：無論公費留學還是自費留學， “一律以軍工理醫各科有關軍事國防、為目前急切需要者為限”。
這一政策的施行， 使大學畢業生在國內繼續研究學習的人數顯著增多， 客觀上增大了研究所的社會需求。在這樣的背景下， 因戰亂一度停頓的各高校研究所紛紛恢複活動。
北京大學遷至昆明後， 教學、科研工作開始步入正軌， 但是文科研究所卻遲遲不能恢複。因為按照教育部頒布的《修正大學研究院暫行組織規程》規定， 研究所的存續需要同時滿足“經費充足”“圖書儀器豐富”“師資優越”三方麵的條件。
而北京大學除師資優越外， 其餘兩條均難以達到要求。當時北京大學條件極差， 教室連課桌都沒有， 圖書毀於戰火、設備就更談不上了。至於經費，連維持本校的日常運轉都很勉強。也就是說，單純依靠北京大學自身的力量，恢複文科研究所， 幾乎是不可能的事情。
但無論從國家文化建設的大局出發， 還是為北大自身學術發展考慮， 恢複文科研究所又勢在必行。
北京大學是運氣的， 這時候，恰巧中央史語所遷至昆明， 與北京大學等高校成為鄰居， 從而為北京大學文科研究所的恢複提供了難得的契機。
做為中央史語所所長的傅斯年，畢業於北京大學， 抗戰前在北京大學任教，無論身在何處，傅斯年可謂一直心係北京大學。
抗戰爆發後， 傅斯年力促西南聯大的成立。據羅家倫回憶:“在抗戰開始的時候， 將北大、清華、南開三校合組為西南聯合大學的主張，是孟真出的， 他為西南聯大， 頗儘維護之能事”。
當西南聯大遷至昆明時， 圖書在戰火中損失殆儘。圖書對於大學，有如生命，前麵提到過， 傅斯年和他的圖書室曾為西南聯大師生讀書，提供了怎樣便利。
大學畢竟培養的是通識之才， 如果文科研究所不能恢複， 一方麵， 高層次的人才將無法培養。 另一方麵， 史語所長期以來施行的從北京大學選拔研究人員的拔尖政策也將斷檔。
1939年上半年， 傅斯年與北京大學校長蔣夢麟等人經過反複磋商， 決定恢複北京大學文科研究所， 進一步加強中央史語所和北京大學在學術研究和研究生培養等領域的合作。
首先，成立管理機構。按照1934年北京大學頒布的《國立北京大學研究院暫行規定》， 各研究所所長由該院院長兼任， 故文學院院長胡適任研究所所長。
抗戰爆發後， 胡適遠在美國， 經傅斯年與蔣夢麟商定， 胡適出任名譽所長， 傅斯年任代理所長， 全權負責研究所事務。
事實上， 傅斯年除了擔任史語所所長、代理北京大學文科研究所所長之外， 還擔任著中央研究院總乾事、國民參政會參政員等職務， 事務繁忙。於是便請北京大學秘書長鄭天挺任副所長， 負責日常工作。
同時專門成立了北京大學文科研究所委員會， 延聘湯用彤、羅常培、姚從吾、葉公超、錢端升諸人為委員， 擔負研究所“學術上計劃及管理之責任”。
為加強研究所學術研究力量和研究生培養， 經與蔣夢麟、鄭天挺等人協商， 大力延聘導師， 除文科研究所委員兼任導師外， 又聘西南聯大和曆史語言研究所的專家學者如陳寅恪、李濟、董作賓、李方桂、丁聲樹、姚從吾、楊振聲等人為導師， 並選聘向達為專職導師。
這些導師均為文史界一流學人， 師資陣容強大， 且多數導師和學生生活、學習均在一起， 師生間探討學問極為方便。
最難的是籌措經費。當時， 全國戰事吃緊， 政府雖然重視教育， 卻拿不出足夠的教育經費。在這種情況下， 傅斯年通過各種關係積極爭取中英庚款補助款。
中英庚款是英國將庚子賠款中實應賠償款項之外的超額部分退還給中國的款項， 分成基金和息金兩部分， 基金用於建築鐵路及經營其他生產事業， 息金用於文教事業。按照《中英庚款息金用途支配標準》的規定， “中英庚款息金以用於有永久紀念性之教育文化之建築及有關全國之重要文化事業為原則， 不得用以補助任何機關之經常費及臨時費”。也就是說， 按照規定， 中英庚款息金用於支持北京大學文科研究所的經費是不很符合規定的， 但這是唯一的來款途徑。
為促成此事。傅斯年除了做出多方努力外，還專門寫信給任中英庚款董事會總乾事的杭立武， 請求安排專款補助此項事業， 為避免阻力， 傅斯年特彆強調， “此舉與貴會補助學術研究， 實同其性質”
或許也有對中國偉大的抗日戰爭的支持，和對苦難中的中國人民同情等諸情結，在杭立武等人的斡旋下， 傅斯年請求中英庚款董事會補助款項最終得到批準。
於是，恢複北京大學文科研究所的最後障礙得以克服。