北京大學文科研究所恢複後， 傅斯年等人便積極籌劃招生工作。
為了使招收研究生有章可循， 傅斯年與副所長鄭天挺等商議，專門製定了《國立北京大學文科研究所招考研究生辦法》， 對研究生招生數量、專業、考生資格、考試辦法、待遇、考試地點、考試時間等都做了明確規定。
按規定報名者必須經過三個審考程序：考生首先提交一篇論文， 審查通過後再參加筆試， 筆試通過後再進行麵試， 其中筆試主要考外語和專業課。
從1939年至1941年， 北京大學文科研究所共招考三屆學生， 傅斯年對考試相當重視，每次都親自主持，也相當嚴格。
北京大學文科研究所1939年第一屆研究生共錄取10人， 分彆是楊誌玖、馬學良、王明、逯欽立、任繼愈、陰法魯、閻文儒、汪篯、周法高和劉念和。1940年第二屆研究生共錄取7人， 分彆是王玉哲、李埏、劉熊祥、董庶、殷煥先、王叔岷和李孝定。1941年第三屆招生共錄取5人， 分彆是王利器、魏明經、王達津、程溯洛和高華年。
傅斯年主持的招考錄取， 有兩個鮮明的特點。
其一是錄取方式並非單一刻板， 有極大的靈活性。
這一點，在對王利器的招考錄取過程中有充分體現。
王利器畢業於四川大學中文係，畢業論文是《風俗通義校注》，在國民黨政府舉行的第一屆全國大學生會考中，該論文得了滿分。
聽說北京大學文科研究所在重慶招生，他急忙前去應考。由於王利器住在僻遠的山區，等趕到重慶時已誤了考期。他抱著試一試的想法找到了傅斯年。
傅斯年看了他的《風俗通義校注》後，決定對他單獨進行考試，首場考試科目是英語。當時正處在抗日戰爭最艱苦的時期，敵機時常轟炸重慶。一場英語沒考完，警報就響了7次，他們也往防空洞中跑了7次。
在中午吃飯的時候，傅斯年告訴王利器，“你明天回江津去吧，敵機濫炸重慶，很危險，不要考了。我告訴你，你早就取了，還準備給你中英庚款獎學金。你去昆明，還是去李莊？由你選擇。昆明有老師，李莊，中央研究院曆史語言研究所在那裡，有書讀。”王利器選擇了李莊，直接跟隨傅斯年作研究生。
王利器被破格錄取， 表明北京大學文科研究所對研究生錄取更多的是注重學術研究能力， 而非拘泥於形式。
其二是一視同仁， 絕不偏袒北京大學學生。在恢複北京大學文科研究所的過程中， 傅斯年即一再強調:“此一組織雖在係統上為北大之一部分， 但決不予北大畢業生以特殊之方， 研究生之考試向全國公開， 其考試委員會組織， 亦係內外參合， 以明一視同仁之義”
第一屆10名研究生中， 北京大學畢業生6人， 其他高校4人。第二屆7名研究生中， 北京大學畢業生3人， 其他高校4人。第三屆5名研究生中， 隻有1人為北京大學畢業生， 其餘4人均來自不同高校。
傅斯年實踐了他對各高校一視同仁的諾言。
傅斯年任所長的北京大學文科研究所，研究生被錄取之後， 在選擇導師和學習地點方麵都極為自由， 充滿民主氣息。最初， 北京大學文科研究所和史語所都在昆明， 研究生因讀書之便， 一般與史語所住在一起。
1940年秋史語所遷至四川李莊， 北京大學文科研究所仍駐昆明， 因此， 對於學生選擇留在昆明或隨史語所至李莊， 傅斯年均予以尊重。
如王玉哲最初導師為傅斯年， 史語所遷到李莊後， 王玉哲仍留在昆明， 導師便改為唐蘭。李孝定被錄取時， 傅斯年對他說：“有兩條， 你自己決定：要看第一手資料， 利用豐富的藏書，你就去李莊。想聽聽較多好老師的講授， 就去昆明。”
傅斯年等人對研究生的教學和培養原則是：高標準要求、自由式發展、導師專業指導、學生自主讀書學習。
所謂“自由式發展”， 就是研究生的學習方法和論文選題等有較大的自主權， 學習方法以自學為主， 同學之間、師生之間可以自由討論， 互相啟發。傅斯年等人為了營造研究所的學術研究和討論的氛圍， 定期舉行學術報告會， 師生輪流擔任報告人， 相互討論、辯難。據何茲全回憶:“史語所有個好傳統， 就是不定期的學術報告……這是學術交流， 對每個人的研究也是個督促。”
在抗日戰爭的艱苦環境中， 研究生學習的條件雖然艱苦， 但學習和研究的氛圍相當濃厚， 正是在這種自由和諧的氛圍中， 研究生受到了良好的培養， 在各自選定的學術領域取得了優異成績。
從1939年至1941年， 北京大學文科研究所共招考三屆學生，絕大多數，後來成為成為海峽兩岸的知名學者。
比如王利器， 1944年畢業後，曆任四川大學、成華大學、北京大學、北京政法學院講師、副教授、教授。他早年讀書，即對文化遺產進行鍥而不舍的研究。在北京大學任教時，講授《史記》《莊子》《文心雕龍》等史籍，成為著名文學家、曆史學家和國學專家。由於著述宏富，逾兩千萬言，號稱兩千萬富翁，另有單篇論文約百萬餘字發表。，1979年離休後，任中國社會科學院特約研究員和北京大學曆史係兼職教授。
比如楊誌玖。畢業後先後擔任南開大學曆史係教授，中國古代史專業博士生導師，曾兼任國家《中國曆史大辭典》主編、《曆史教學》編輯委員會主任、中國元史研究會名譽會長、中國蒙古史學會理事、中國海外交通史學會顧問、中國民族史學會顧問、中國唐史學會顧問等。曾任天津市第六、七、八屆政治協商會議委員和常務委員。出版有《楊誌玖文集》等。
比如馬學良,長期從事漢語與少數民族語言的教學與研究，尤其是對彝語的研究更具有開拓性。他的《撒尼彝語研究》（商務印書館，1951年）是一部係統深入地研究彝語語音、詞彙、語法的著作。這也是我國學者研究彝語的第一部較全麵的學術著作。成為民族語言文學家、民族教育家、中央民族大學民族語言文學學科奠基人。
比如王明，成為著名中國哲學史專家，道教研究專家任曾為中國社會科學院哲學研究所研究員、中國哲學史研究室主任，中國社會科學研究生院兼任教授、博士生導師。
比如任繼愈，成為著名哲學家、佛學家、曆史學家、曾國家圖書館館長、名譽館長。
關於逯欽立，我們已經介紹過了。還有成為名家學者的陰法魯、汪篯、閻文儒、周法高、王玉哲、李埏、劉熊祥、殷煥先、王叔岷、李孝定、魏明經、王達津、程溯洛、高華年。也就是說，從1939年至1941年， 北京大學文科研究所培養的三屆二十二名學生，幾乎個個成才。
光榮屬於北京大學文科研究所，光榮屬於傅斯年。