在《中央研究院曆史語言研究所工作之旨趣》發表後，傅斯年不久又發表《史學方法導論》一文。
後者雖然在總體上與前者基本觀點是一致的，但從創建現代新史學的立場出發，有些思想和觀點則更為深入，有些提法則更為明確，從而更加奠定了他所領導的“史料學派”的理論基礎：
一、史的觀念之進步，在於由主觀的哲學及倫理價值論變為客觀的史料學。
二、著史的事業之進步，在於由人文的手段，變為如生物學地質學等一樣的事業。
三、史學的對象是史料，不是文詞，不是倫理，不是神學，並且不是社會學。史學的工作是整理史料，不是做藝術的建設，不是做疏通的事業，不是去扶持或推到這個運動或那個主義。其中心思想即是“史學便是史料學”。
“中央史語所”考古學領軍人物李濟說：“他（傅斯年）告訴研究所的同仁一個原則，要大家找新材料。他說，有新材料才有新問題，有了新問題必須找解決問題的辦法；為了解決新問題必須找新材料，新材料又生新問題，如此連環不絕，才有現代科學的發生。他這一原則我想曆史語言研究所的同仁到現在還一直遵守的。”
傅斯年的摯友羅家倫曾說：“他辦曆史語言研究所時所樹立的標準很高，觀念很近代化。他的主張是要辦成一個有科學性而能在國際間的學術界站得住的研究所，絕對不是一個抱殘守缺的機關……曆史語言研究所的‘集刊’和‘分刊’，得到國際學術界很高的重視，這研究所的本身也取得了國際學術界很高的地位。這自然是經由許多學者協力造成的，可是孟真領導的力量是不可磨滅的。”
杜維運在《傅孟真與中國新史學》中認為：“自晚清迄今百年間的新史學，其創獲輝煌成績者，不是梁啟超、何炳鬆所倡導的新史學，而是傅孟真先生所實際領導的新史學。找出一個新方向，領導一個學術群體，共同從事史學研究，曆久而不衰，在中國曆史上，甚少前例。有之則自孟真先生領導中央研究院曆史語言研究所始。”
二十世紀初，北平出現了兩個國學研究機構，一是北大研究所國學門，二是清華國學研究院，國內大批學術精英加盟其中，進行了卓有成效的研究工作。
但在“中央史語所”成立前夕，北大國學門因政局動蕩，經費困難，研究工作陷於停頓。清華國學研究院的研究工作也於一九二七年王國維沉湖自儘後宣告結束。
一九二七年六月二日，中國文化界發生了一件大事：正值學術生涯巔峰的王國維，突然在頤和園昆明湖沉湖自殺了。
消息一經傳出，頓使海內外學界同聲哀悼。但人們在痛惜他“中道而廢”的同時，更想知道的是，他究竟為何而自殺。然而這個問題的答案，時至今日，也沒有人能夠給出一個合理的說法。此案，也已然成為了二十世紀中國文化界的一大“懸案”。
王國維（1877年12月3日—1927年6月2日），初名國楨，字靜安、伯隅，初號禮堂，晚號觀堂，又號永觀，諡忠愨。漢族。出生於浙江省海寧州的一戶中產人家，四歲喪母，七歲入私塾，到了十幾歲時，便已經能夠學作詩文，以文會友了。也是在這個時候，他有了“海寧四才子”這一名頭。
王國維早年追求新學，接受資產階級改良主義思想的影響，把西方哲學、美學思想與中國古典哲學、美學相融合，研究哲學與美學，形成了獨特的美學思想體係，繼而攻詞曲戲劇，後又治史學、古文字學、考古學。郭沫若稱他為新史學的開山，不止如此，他平生學無專師，自辟戶牖，成就卓越，貢獻突出，在教育、哲學、文學、戲曲、美學、史學、古文學等方麵均有深詣和創新，為中華民族文化寶庫留下了廣博精深的學術遺產。
對於王國維投湖自儘的原因，民間主要有這樣幾種說法。
有人說王國維作為清朝遺老的代表，他投江自儘是為清朝的滅亡殉難。這是一種守節的表現。
王國維對清朝政府有著一定的感情，對於王國維清朝遺老的身份是有一定根據的。
其一，在一九二四年時，馮玉祥發動了北京政變，將溥儀皇帝驅逐出宮。王國維在得知這個消息後，感覺遭受了奇恥大辱，他和羅振玉等清朝遺老相約跳入金水河，為清朝殉葬。但被家人阻止而未能如願。
其二，王國維投湖自儘後，梁啟超特意寫了文章，把王國維比作屈原，稱讚他的守節行為。而大文豪魯迅也在文章中稱王國維是在水裡將遺老生活結束。
雖然有些諷刺的意味，但同時期的文人學者的評價成為王國維自殺殉難觀點的有力支撐。
其三，王國維自殺後，溥儀為他舉行了葬禮，並賜予他中闕的諡號，有清朝末代皇帝的做證，王國維以死殉大清的說法似乎坐實了。
一些人對上麵的觀點提出了反對意見。他們認為，王國維一生潛心於學術研究，積極學習西方的文化思想，他雖然忠於滿清，但不至於於中道為滿清殉葬的程度。如果他想要殉葬守節，清廷退位或馮玉祥將溥儀皇帝驅逐出宮時就可以自殺，不會等到三年後再執行。
還有人提出了一個觀點，王國維投湖自儘是因為背負了巨額的債務。
根據當時報紙刊載的文章描述，王國維曾經與兒女親家羅振玉合夥投資做生意，但運氣不好，虧了本，欠了羅振玉的債務。
王國維的長子去世後，他和羅振玉的關係就不太好了，他債務在身，羞憤交加，就萌生了尋短見的想法。
郭沫若對這個觀點持有肯定態度，他認為就是王國維自殺的主要原因。文章一經刊登，得到了社會的普遍認可，在民間迅速傳播開來。
實際上，從王國維留下的遺書中，以及他對自己後事的安排上看，王國維生前應該是沒有背負債務的，這個說法有編造的嫌疑。
對於王國維自殺的原因，從他的好朋友、著名學者陳寅恪先生的文章來看，王國維投湖自儘很可能是自殺以明誌。
陳寅恪在王國維死後所寫的紀念文章裡說，一種文化衰落的時候，被這種文化影響的人會產生痛苦的心理，這種痛苦與文化的衰落程度成正比。
這種文化從興盛跌落到穀底，那麼一直以來推崇他的人必然會悲憤至極，甚至產生以死殉道的想法。
當時的中國，正經曆著數千年以來未發生的巨變，影響到了一直以來人們崇尚的文化精神。
王國維先生選擇與之共同進退，不得不死，這件事令陳寅恪非常悲痛，同時期的文人學者們對王國維的離去也非常惋惜。
陳寅恪的觀點一經發表，立刻引起了學術界的共鳴。這個死亡原因被很多的學者所認可，但這畢竟是一家之說。
王國維先生自殺前一天寫好的遺囑，遺書的背麵則寫著：送西院十八號王貞明先生收。王貞明是王國維的第三個兒子。紙張雖已濕透，但字跡完好無缺，上麵寫著：
“五十之年，隻欠一死。經此世變，義無再辱。我死後，當草草棺斂，即行蒿葬於清華塋地。汝等不能南歸，亦可暫於城內居住。汝兄亦不必奔喪，因道路不通，渠又不曾出門故也。書籍可托陳、吳二先生處理。家人自有人料理，必不至不能南歸。我雖無財產分文遺汝等，然苟謹慎勤儉，亦必不至餓死也。”
遺囑交待了後事和家事，偏偏沒有自殺原因。
或許，王國維先生是患了嚴重的抑鬱症，那時國人對這個病還知之不多。
當然，真相恐怕隻有王國維自己才清楚。
北大國學門“態度極向新方向走，風氣為胡適之等所表率”，而清華研究院在王國維的領導下，“頗成一種質實而不簡陋，守舊而不固執的學風。”
“中央史語所”如遷至北平，不僅可以接受這兩個研究機構的學術成果，而且能夠吸收更多的高水平研究人員。如北大國學門的劉複、朱希祖、徐仲舒、陳垣，清華國學研究所的陳寅恪、趙元任，都是很有成就的學者。將他們吸收到史語所中來，必定能夠大大提高史語所的研究水平。
一九二九年初，北方局勢已趨安定。因為廣州中山大學原來設有語言曆史研究所，所以傅斯年決定將中央研究院曆史語言研究所全部遷往北平，廣州不再留置分支機構。三月，“中央史語所”北遷，六月，入居北海公園之靜心齋。