第二天清晨，董卓排列好儀仗隨從，準備入朝。忽然看見一個道人，身穿青袍，頭戴白巾，手裡拿著一根長竿，上麵綁著一丈長的布，布的兩頭各寫著一個 “口” 字。董卓問李肅：“這個道人是什麼意思？” 李肅說：“這是個瘋子。” 於是呼喊將士把道人趕走。董卓進入朝堂，群臣都穿著朝服，在道路兩旁迎接拜見。李肅手持寶劍，扶著董卓的車前行。到了北掖門，軍兵都被擋在門外，隻有二十多個禦車的人一同進去。董卓遠遠看見王允等人各持寶劍站在殿門，驚訝地問李肅：“他們持劍是什麼意思？” 李肅沒有回答，推著車徑直進入。王允大聲喊道：“反賊到了，武士在哪裡？” 兩旁立刻衝出一百多人，手持戟和長矛刺向董卓。董卓裡麵穿著鎧甲，長矛刺不進去，他手臂受傷，從車上墜落，大聲呼喊：“我的兒子奉先在哪裡？” 呂布從車後厲聲喊道：“有詔書討伐賊臣！” 一戟直刺董卓的咽喉，李肅早已割下董卓的頭顱拿在手中。呂布左手拿著戟，右手從懷中取出詔書，大聲呼喊：“奉詔討伐賊臣董卓，其他人等一概不問！” 將吏們都高呼萬歲。後人有詩感歎董卓道：“霸業成時為帝王，不成且作富家郎。誰知天意無私曲，郿塢方成已滅亡。”
當時呂布大聲喊道：“助紂為虐的，都是李儒！誰能把他擒住？” 李肅應聲願意前往。忽然聽到朝門外傳來呼喊聲，有人報告說李儒的家奴已經把李儒捆綁起來獻了上來。王允命令把李儒押到集市斬首；又將董卓的屍首在大街上示眾。董卓身體肥胖，看守屍首的軍士把火放在他的肚臍中當作燈，油脂流了滿地。百姓路過，沒有不向他的頭扔東西，用腳踐踏他屍首的。王允又命令呂布同皇甫嵩、李肅率領五萬兵馬，到郿塢抄沒董卓的家產和人口。
李傕、郭汜、張濟、樊稠聽說董卓已死，呂布即將到來，便率領飛熊軍連夜逃奔涼州。呂布到了郿塢，先找到了貂蟬。皇甫嵩命令把塢中所藏的良家子女全部釋放。隻要是董卓的親屬，不論老幼，全部誅殺。董卓的母親也被殺害。董卓的弟弟董旻、侄子董璜都被斬首示眾。抄沒塢中所積蓄的財物，黃金有數十萬，白銀有數百萬，綾羅綢緞、珠寶、器皿、糧食，不計其數。這些情況回報給王允。王允於是大肆犒賞軍士，在都堂設宴，召集眾官，飲酒慶賀。
正在飲宴之時，忽然有人報告說：“董卓的屍體暴露在集市上，忽然有一個人趴在他的屍體上大哭。” 王允發怒說：“董卓被誅殺，士民沒有不稱賀的；這個人是誰，竟敢獨自哭泣！” 於是呼喚武士：“給我把他抓來！” 不一會兒，人被抓到。眾官一看，無不驚駭：原來這個人不是彆人，正是侍中蔡邕。王允叱責說：“董卓是逆賊，如今被誅殺，這是國家的大幸。你身為漢朝臣子，卻不為國家慶賀，反而為賊哭泣，這是為什麼？” 蔡邕認罪說：“我雖然沒有才能，也知道大義，怎麼會背叛國家而向著董卓呢？隻是因為一時受到他的知遇之恩，不自覺地為他哭了一場，自己知道罪大。希望您能原諒我：倘若能對我施以黥刑、砍掉雙腳，讓我繼續完成漢史，來贖我的罪過，那就是我的萬幸了。” 眾官愛惜蔡邕的才華，都極力營救他。太傅馬日磾也私下對王允說：“伯喈是曠世奇才，如果讓他繼續完成漢史，實在是一件盛事。而且他的孝行一向顯著，如果倉促殺了他，恐怕會失去人心。” 王允說：“昔日漢武帝不殺司馬遷，後來讓他作史，結果導致誹謗之書流傳後世。如今國運衰微，朝政錯亂，不能讓奸佞之臣在幼主身邊執筆，使我們遭受他的誹謗議論。” 馬日磾無言而退，私下對眾官說：“王允恐怕要斷子絕孫了吧！善人，是國家的綱紀；著史，是國家的典章。毀滅綱紀，廢棄典章，怎麼能長久呢？” 當時王允不聽馬日磾的話，命令把蔡邕關進獄中絞死。一時間，士大夫們聽到這個消息，都為之流淚。後人評論蔡邕哭董卓，固然不對；王允殺他，也太過分了。有詩感歎道：“董卓專權肆不仁，侍中何自竟亡身？當時諸葛隆中臥，安肯輕身事亂臣。”
且說李傕、郭汜、張濟、樊稠逃到陝西，派人到長安上表請求赦免。王允說：“董卓的跋扈，都是這四個人幫助的結果；如今即使大赦天下，唯獨不能赦免這四個人。” 使者回去報告李傕。李傕說：“請求赦免不成，我們各自逃命吧。” 謀士賈詡說：“諸位如果拋棄軍隊單獨行動，那麼一個亭長就能把你們抓住。不如引誘召集陝西人以及本部軍馬，殺進長安為董卓報仇。如果事情成功，就尊奉朝廷來匡正天下；如果不能取勝，再逃走也不遲。” 李傕等人覺得他說得對，於是在西涼州散布流言說：“王允打算殺光這裡的人！” 眾人都驚恐不安。他們又揚言說：“白白送死沒有好處，能跟我一起嗎造1反？” 眾人都願意跟隨。於是聚集了十多萬人，分成四路，殺向長安。路上遇到董卓的女婿中郎將牛輔，率領五千人馬，正要去為丈人報仇，李傕便與他合兵，讓他作為先鋒。四人陸續進發。
王允得知西涼兵來了，與呂布商議。呂布說：“司徒放心。這些鼠輩，何足掛齒！” 於是率領李肅出兵迎敵。李肅當先迎戰，正好與牛輔相遇，雙方大戰一場。牛輔抵擋不住，敗陣而逃。沒想到當夜二更，牛輔趁李肅不備，竟然前來劫寨。李肅的軍隊四處逃竄，敗走了三十多裡，折損了大半人馬，回來見呂布。呂布大怒說：“你為何挫傷我的銳氣！” 於是斬殺了李肅，將他的頭懸掛在軍門。第二天，呂布進兵與牛輔對敵。牛輔哪裡是呂布的對手，仍然大敗而逃。當夜，牛輔叫來心腹人胡赤兒商議說：“呂布驍勇無比，我們萬萬不能抵擋；不如瞞著李傕等四人，暗藏金銀珠寶，和個親隨拋棄軍隊逃走。” 胡赤兒答應了。當夜收拾好金銀珠寶，棄營而逃，跟隨的有三四個人。將要渡過一條河時，胡赤兒想要謀取金銀珠寶，竟然殺死了牛輔，帶著他的頭來獻給呂布。呂布問清緣由，跟隨的人告發說：“胡赤兒謀殺牛輔，搶奪他的金寶。” 呂布發怒，立即將胡赤兒誅殺。呂布領軍前進，正好遇到李傕的軍馬。呂布不等他們列陣，便挺戟躍馬，指揮軍隊直衝過去。李傕的軍隊抵擋不住，退走了五十多裡，依山紮營。李傕請郭汜、張濟、樊稠一起商議說：“呂布雖然勇猛，然而沒有謀略，不足為慮。我領軍守住穀口，每天引誘他廝殺，郭將軍可以領軍抄襲他的後路，效仿彭越騷擾楚軍的方法，鳴金就進兵，擂鼓就收兵。張、樊二位將軍，則分兵兩路，直接攻打長安。他首尾不能救應，必然大敗。” 眾人采用了他的計策。
呂布率領軍隊到了山下，李傕領軍挑戰。呂布憤怒地衝殺過去，李傕退上山去。山上箭石如雨，呂布的軍隊無法前進。忽然報告說郭汜在陣後殺來，呂布急忙回戰。隻聽到鼓聲大震，郭汜的軍隊又退走了。呂布剛要收軍，鑼聲響起，李傕的軍隊又殺來了。還沒來得及對敵，背後郭汜又領軍殺到。等到呂布趕來，卻又擂鼓收軍退去了。這激得呂布怒氣填胸。一連幾天都是如此，想戰不能戰，想停不能停。正在惱怒之時，忽然飛馬報來，說張濟、樊稠兩路軍馬，竟然進犯長安，京城危急。呂布急忙領軍回救，背後李傕、郭汜追殺過來。呂布無心戀戰，隻顧奔走，折損了不少人馬。等到了長安城下，賊兵像烏雲聚集、大雨傾盆一樣，將城池團團圍住，呂布的軍隊與賊兵交戰不利。軍士們畏懼呂布的殘暴嚴厲，很多人投降了賊兵，呂布心中十分憂慮。
幾天之後，董卓的餘黨李蒙、王方在城中作為賊兵的內應，偷偷打開城門，四路賊軍一起湧入。呂布左衝右突，攔擋不住，帶領數百騎兵前往青瑣門外，呼喊王允說：“形勢危急了！請司徒上馬，一同出關，再另想良策。” 王允說：“如果承蒙社稷的神靈保佑，能夠安定國家，這是我的心願；如果不能如願，那麼我就舍身赴死。臨難苟且偷生，我不會這樣做。替我向關東諸公致謝，讓他們努力以國家為重！” 呂布再三勸說，王允隻是不肯離開。不一會兒，各門火焰衝天，呂布隻得拋棄家小，帶領一百多騎兵飛奔出關，投奔袁術去了。
李傕、郭汜放縱士兵大肆搶掠。太常卿種拂、太仆魯馗、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎都死於國難。賊兵緊緊圍繞內庭，侍臣請天子登上宣平門製止騷亂。李傕等人望見黃蓋，約束住軍士，口呼 “萬歲”。獻帝倚著樓欄問道：“你們不等待奏請，就擅自進入長安，想要做什麼？” 李傕、郭汜仰起頭上奏說：“董太師是陛下社稷的臣子，無端被王允謀殺，我們特地來報仇，不敢造1反。隻要見到王允，我們就退兵。” 王允當時在皇帝身邊，聽到這話，上奏說：“我本是為了社稷著想。事已至此，陛下不能顧惜我，而耽誤國家。我請求下去會見這兩個賊子。” 皇帝猶豫不決，不忍心。王允從宣平門樓上跳了下去，大聲呼喊：“王允在這裡！” 李傕、郭汜拔劍叱責說：“董太師有什麼罪而被殺害？” 王允說：“董賊的罪行，漫天蓋地，說也說不完！他被誅殺的那天，長安的士民都相互慶賀，你們難道沒聽說嗎？” 李傕、郭汜說：“太師有罪；我們有什麼罪，不肯赦免我們？” 王允大罵：“逆賊何必多言！我王允今日隻有一死而已！” 兩個賊子手起刀落，將王允殺死在樓下。史官有詩稱讚道：“王允運機籌，奸臣董卓休。心懷家國恨，眉鎖廟堂憂。英氣連霄漢，忠誠貫鬥牛。至今魂與魄，猶繞鳳凰樓。”
眾賊殺了王允，一麵又派人將王允的宗族老幼全部殺害。士民無不落淚。當時李傕、郭汜尋思道：“既然已經到了這裡，不殺掉天子圖謀大事，更待何時？” 於是手持寶劍，大聲呼喊，殺進內宮。正是：巨魁伏罪災方息，從賊縱橫禍又來。