通過上次的驅逐李選侍一事，楊漣和左光鬥現在已經搖身一變成為朝臣領袖，而且名聲也變得十分響亮。天下無人不知是楊漣和左光鬥一片孤忠，並串聯忠心耿耿的太監王安，才挽救了大明社稷。
“浮丘不可如此。“現在方從哲雖然不想和楊漣爭鋒，但他實在也看不下這種欺負寡母孤女的行徑，於是就苦口婆心地勸說道：“聖母（天啟皇帝的生母）當年為才人時，選侍不過是一個年方十五的東宮婢女，若說一個十五歲的卑微婢女竟敢當著先帝的麵毆打聖母，這……這怎麼可能呢？而且把後宮之事詔告天下，也會有傷先帝之德啊。“
“吾輩是朝廷直臣，所圖不過仗節直諫。“左光鬥重重地橫了方從哲一眼，突然臉上露出了恍然大悟的神色，“我想起來了，是方大人你推薦的賊臣李可灼……逆臣，我和你勢不兩立！“
東林黨隨後便彈劾內閣首輔方從哲謀逆、弑君，有十大罪、三當誅。方從哲被這一招嚇得不輕，連忙稱病不出，一連六次上表乞求退休。王安這個司禮監秉筆於是披紅批準，曰可。
內閣首輔方從哲因涉嫌謀逆致仕（退休）後，東林黨推舉東林老宗師葉向高組閣，司禮監秉筆王安立刻披紅批準。葉向高抵達京師後，和老友張鶴鳴等人攜手組建了清一色的東林黨內閣和六部。一個月前還不過是六品給事中的楊漣，因為在紅丸、移宮兩案中表現突出，一時風頭無兩，也升任左都禦史兼工部尚書。
同時，在司禮監秉筆太監王安和東林黨的催促下，天啟詔告天下，宣布他生母王才人是被李選侍毆打致死的，而且李選侍一貫毆打自己和皇弟、皇妹。天啟皇帝宣稱，這次移宮案件完全起於李選侍意圖謀逆，幸虧東林諸君子擎天保駕，方保住了大明的社稷。
現年不過十六歲的天啟皇帝雖然一時妥協，但東林黨似乎沒有想到，皇帝有一天會長大。而且王安也不可能永遠掌握司禮監，即使有外廷的支持，皇帝仍然可以輕易地從太監手中拿回自己的權柄。而一旦到了那個時候，隻要天啟皇帝不是一個像他父親那樣懦弱的天子，他還是可能會為今日的屈辱而報複的。
數年後，正是利用天啟皇帝今日壓下的憤怒，太監魏忠賢達到了他的目的，並幾乎給東林黨帶來滅頂之災。
天啟年幼的弟弟後來繼位當了崇禎皇帝，雖然給東林黨的左光鬥、楊漣平反了，但他對今天東林黨的所作所為也仍然是不滿意的。崇禎曾在召見周延儒時談到了自己對以上三案的親身體會：“此三事皆非。梃擊一案，實係風癲。紅丸一案，方從哲曾奏不可輕進，皇考（泰昌皇帝）揪然曰，朕勢將不起，飲之或僥幸可生，不飲唯坐以待斃。此實皇考欲進，時朕與先帝（天啟皇帝）俱在側，豈從哲所為。移宮一事，尤為不情。當時皇考以朕與先帝俱失母，命李選侍撫養。渠愛如子，朕與先帝亦事之如母，所謂氣毆、垂簾，皆外臣不知內廷事，有此紛紛。且魏忠賢團係巨惡，王安亦非善類。“
雖然崇禎皇帝的親身證詞說明了李選侍、方從哲等人的無辜，也間接證明了楊漣和左光鬥等東林黨人是靠捏造莫須有的“弑君“、“謀逆“、“垂簾聽政“、“毆打聖母“、“虐待皇子“等罪名來陷害政敵的，然而，至少在泰昌元年十月，東林黨終於靠欺壓孤兒寡母取得了空前的政治權利，左光鬥得意揚揚地宣稱：“如今邪黨儘除，眾正盈朝！“
泰昌元年十一月，東林黨認定齊黨、楚黨等黨派都為邪黨，一概要打倒。在這場彈劾邪黨成員的浪潮中，他們給邪黨成員、遼東經略熊廷弼扣上了“謀逆“、“靡費軍餉“、“貪贓“、“擁兵自重“等十幾項罪名，司禮監秉筆太監王安批紅認可，下令將熊廷弼革職，勒令入京聽候處分。
東林黨內閣任命袁應泰為遼東經略，立刻組織對建州軍的討伐。在東林黨中素有治水專家美譽的袁應泰自信飽滿地趕赴遼東上任。他到任後，立刻下令撤除熊廷弼原先的各種部署，並隨即向朝廷提出自己的方略。
袁應泰指出，在最近的一年來，遼東鎮對建州軍的戰績非常良好，尤其是在沈陽、奉集堡等戰役中，明軍數次野戰獲勝，足以顯示明軍遠超建州軍的野戰能力。而且現在明軍在遼東鎮擁有戰兵近七萬，援遼兵一萬餘，對比建州軍的兩萬披甲具有絕對優勢，所以袁應泰認為全線進攻，一雪薩爾滸前恥的時機已經成熟。
首輔葉向高，閣臣王化貞，東林元勳高攀龍、楊漣、左光鬥等人都對此極為稱讚。但正在京師戴罪等候審訊的熊廷弼卻大聲疾呼，認為明軍絕不能魯莽從事，否則就會遭受重大損失，但當然沒人理睬他，熊廷弼的奏疏被留中不發。
得到大家一致的鼓勵和稱讚後，袁應泰提出了更具體的方略，他主張把八萬人分成三路，同時從北線、中線和南線三麵攻打建州，這樣，每一路的明軍都會擁有兩萬以上的戰兵。袁應泰認為，這樣就足以保證每一路明軍都具有單獨麵對建州軍全軍並戰而勝之的能力。
這個方略再次得到了朝中的如雷讚許。袁應泰隨即開始動手實施這個方略，同時還下令停止熊廷弼持之以恒的襲擾戰。袁應泰認為全線的襲擾戰消耗太大，而且也會導致大量士兵傷亡。停止了襲擾戰以後，各部明軍的物質消耗迅速減少到原來的一半不到，袁應泰一邊為能替國家節省大批物資而沾沾自喜，一邊命令各路明軍加緊儲備物資，他通令全軍要在天啟元年六月前做好準備，然後三路齊發攻入建州。