泰昌皇帝說到這裡突然止住了嘴，半晌後又搖頭長歎道：“久聞東林書院大門書有對聯一副：風聲、雨聲、讀書聲，聲聲入耳；家事、國事、天下事，事事憂人……現在國事艱辛如此，這一眾大臣怎麼一天到晚就惦著在後宮攪事？鄭貴妃說到底還是朕的庶母，皇三弟和朕爭位一事說到底也是朕的家事，時過境遷，朕都不放在心上了，他們怎麼反倒容不下呢？“
萬曆四十八年八月二十九日，泰昌皇帝自知行將不起，就急召孫承宗覲見。孫承宗是東林黨宗師葉向高的弟子，而葉向高則是詹事府正詹事，也就是泰昌皇帝的開蒙恩師。泰昌皇帝對東林黨青眼有加，很大程度上也是受了葉向高的影響。
泰昌皇帝對葉向高一向很尊敬，張口必稱“先生“，如果泰昌皇帝不是貴為天子的話，那孫承宗甚至可以叫他一聲“師兄“。多年來孫承宗一直深受泰昌皇帝信任，泰昌皇帝不給孫承宗實職，而是任命他為詹事府經筵講官，這個職務不但是太子的貼身參謀，也是皇太孫的老師。從很早以前開始，泰昌皇帝就有意要把孫承宗培養成自己兒子的重臣，現在他覺得托孤的時候已經到了。
“愷陽（孫承宗的號）老成穩重，有卿輔佐太子，朕無憂矣。“
聽到這明顯是托付後事的話，孫承宗沒有再說什麼場麵話，而是鄭重其事地向泰昌皇帝保證道：“臣雖愚鈍，但願效武侯之誌，鞠躬儘瘁、死而後已。“
泰昌皇帝命人喊出太子，並讓太子送孫承宗出殿。太子本來就對自己的老師很尊重，現在聽到父皇的命令後，就效法民間弟子之禮，帶孫承宗到外殿等候。孫承宗走後，泰昌皇帝就垂詢起自己的陵墓來，它當然遠遠還沒有完成。泰昌皇帝當機立斷，下令等自己死後就把遺體安葬在景泰皇帝為自己造的墳墓裡，那座墳墓在英宗複辟後一直空著，泰昌皇帝覺得那墳墓的規模和地點都不錯。
後事已經交代好了，兒子也托付給最信任的孫承宗了，現在就連陵墓也有了著落，泰昌皇帝就打算為自己的生命作最後一次努力：“有鴻臚寺官進藥，何在？“
泰昌皇帝病危後，鴻臚寺丞李可灼就煉製了幾枚大還丹。所謂“大還丹“就是氧化汞，加熱水銀礦石時，紅色的水銀礦石會首先被還原成銀色的金屬汞，金屬汞在繼續受熱後又會通過氧化反應變成紅色的氧化汞。當時的人們不清楚這裡麵的變化，見到這個從紅變白、然後又從白變紅的過程就覺得很神奇，因此將氧化汞稱為“大還丹“。
從秦始皇開始，人們就認為，這種“大還丹“既然能從紅變白、再從白回到紅，那麼它裡麵就隱藏著返老還童的秘密，能把老人“還“成少年，是能起死回生、活死人而肉白骨的“仙丹妙藥“。
泰昌皇帝安排好後事後，就吩咐鴻臚寺進藥，準備靠這種仙丹來救自己一命。
內閣都不願意承擔風險，最後首輔方從哲就命令兩個太監為皇帝試藥，其中一人當即死亡而另一人幸免。經過泰昌皇帝的仔細觀察，幸免的太監似乎紅光滿麵，於是就堅持要求吃藥。二十九日午時，泰昌皇帝吃下第一枚藥丸，入夜前出現了些許饑餓感，泰昌皇帝大喜，連聲高呼李可灼為“忠臣“，並隨即服下第二枚氧化汞藥丸。
數小時後，萬曆四十八年九月一日五更，泰昌皇帝崩。
次日，乾清宮中旨下，李選侍要求群臣遵照先帝遺詔，擁立皇太子朱由校承續大統；下中旨令禮部議先帝尊號、明歲年號。
“天下豈可托婦人？“中旨傳出後，楊漣雙目儘赤，他宣稱李選侍是要仿效萬曆朝的先例。
萬曆繼位時因為年齡小，在二十歲親政前，由皇太後垂簾聽政。
楊漣宣布李選侍想垂簾聽政，然後又大叫起來：“有逆臣弑君！這必定是李選侍和鄭貴妃串通弑君。“
“不錯，正是如此。李選侍企圖封皇後，而鄭貴妃企圖封皇太後，故而狼狽為奸，互為依仗。“左光鬥認為楊漣的想法很有道理，他立刻給這次進藥事件下了定論，“先帝英明神武，洞悉其奸，結果她們就串通一氣，指示賊臣李可灼獻紅丸弑君。“
高攀龍也義憤填膺地附和道：“如果讓李選侍垂簾聽政的話，後宮恐有武後之亂，我大明社稷危矣！“
“不錯，而且恐有穢亂後宮之事……“楊漣深謀遠慮地推理分析起來。他認為李選侍年紀太輕，而皇太子已經快十六歲了，如果把李選侍留在新帝身邊，恐怕會出現類似武則天嫁給唐高宗那種事情，由兒子笑納老子的妃子。雖然楊漣說得很隱晦，但他還是明白無誤地把這層意思表達出來了：“為了大明的江山社稷，一定得把李選侍驅逐出後宮。“
“你們知道自己在說什麼嗎？“方從哲聽到這些言論後大驚失色。謀逆這種詞，東林黨說過無數多次，人人早就聽習慣了，但這次他們提出的理由事關皇室尊嚴，方從哲作為內閣首輔，覺得自己有必要製止這種給皇室抹黑的行為。