傅斯年看上去身寬肥胖，氣壯如牛，但單純從身體上來說，人是很虛弱的，所謂外外強中乾。他應該患有家族性高血壓，他的母親就一直受高血壓病困擾，也死於高血壓。
傅斯年高血壓嚴重發病至少兩次，一次是在抗日戰爭時期，在陪都重慶住了多日的醫院。他去李莊，按醫囑是去養病的，但他卻忙得不可開交。還有一次，便是在到台大當校長之前，他是在美國治療了很長時間。被任命為台大校長時，他其實剛剛從美國治病歸來。
回來的時候，美國醫生一再囑咐傅斯年，第一，不能過於操勞，第二注意控製自己的情緒，不能過於激動，特彆是要杜絕激烈的情緒波動。當然還有飲食上的諸多忌諱。
是的，高血壓是一種常見病，有高血壓病的人，有人也能活很高的壽，前提是，能嚴格的遵從美國醫生對傅斯年的要求。
或許，對一般人來說，少操勞，控製好自己的情緒，這不難做到，但對於傅斯年來說，就很困難了。
其一，在那樣一個特殊的曆史時期，擔任被寄予厚望的台大校長，像傅斯年這種責任心極強的人，能夠少操勞嗎？
其二，江山易改，本性難移，有人說，傅斯年在安靜時，宛如一隻溫順的貓，但一旦激動起來，就會變成一隻暴虎。也就是說，特彆容易激動。而這個性格，對於高血壓病人，很多時候是致命的。
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蔣夢麟召集的農複會一次會議，討論農業教育改進和保送台大學生出國深造問題。在這個會上，傅提了不少意見，據在現場的人回憶說，他一會兒用漢語講話，一會兒用英語和美國人交談，一會兒漢英交雜，滔滔不絕地大發宏論。兩個多小時的會議，他講的話比任何人都多。
人都說，話多傷神，也容易激動。
午飯後稍事休息，傅又於下午2時許趕往省議會廳，列席台灣省參議會第五次會議。這一天，參議會上所質詢的問題全是有關教育行政方麵的事務，主要由時任台灣省教育廳廳長的陳雪屏作答。
起初，會議進行的十分順利，直到郭國基的提問。
“政府從大陸搶運來放在台大的器材是怎樣處理的？目前仍有很多學生難以入學，台大是否可以放寬尺度，進一步擴大招生數量？”
這個問題，自然需要台大校長回答。
郭國基的提問看似正常，其實不然，特彆是擴大招生的事，一直使傅斯年承受很大壓力。他雖然很反感，但他清楚，接受議員質詢，是自己必須履行的義務。
“存放台大的器材當然要遵照政府的意見處理。至於台大的招生人數，已是一增再增，遠遠超過了台大的最大容納數量，師資、設備、學校宿舍等的使用都已達到最大限度。”傅斯年回答。
郭國基接著又質詢道：“台灣大學開辦用的是台灣人民的錢，就應該多聘請台灣的教授，多招收台灣的學生。”
傅斯年解釋，學校要培養人才，教授的選擇至關重要，末流的水準能讓學生有什麼收獲，台灣學問做的好的幾乎都被他招攬了，其餘的空缺都是他費心從大陸請人才得以填補。
至於招生，他解釋道：“對於台灣學生，我們自然儘可能拉拔，所以在國文科一門，招生分數線比大陸低10分。”
趁著這個機會，傅斯年也利用省議會這個平台，宣傳自己的辦學理念。強調要儘可能的給學生更好的學習環境，學校的各類規章製度必須嚴格遵守，不容破壞，說著說著，他的情緒愈發高漲。
陳雪屏回憶當時的情況：“他答複完畢為六時十分，走下發言台時我看到他步履不穩，上前扶持，他隻說‘不好……’，便倒在我身上，立即昏迷，當時劉參議員傳來幫同把他扶臥在列席人員所坐的一排椅子上，我的公文包便做為枕頭。”
此時是下午六時十分，省議會現場一片混亂。現場的記者，鎂光燈一閃一閃地，圍著昏迷不醒的傅斯年拍個不停，這時惹怒了一個人，就是省參議會秘書長連震東。他大聲喊道：“你們這群殘忍的家夥，人家已經到了這步田地，你們還在搶鏡頭，拍照、拍照……你們趕緊走開，讓醫生來接近他……”連震東即連戰的父親。
劉傳來本身是台大的醫學教授，經他初步診斷，傅是高血壓病發作，於是一麵用冷毛巾貼其額，一麵打電話通知台大附屬醫院和傅斯年的夫人俞大綵。
傅原定當天晚上6點鐘在他家中召集有關人員開會，商討台灣省政府和台灣大學合辦“血清疫苗製造所”事宜。
下午兩點多鐘，傅斯年還打電話給校長室秘書那廉君，讓他把自己親筆擬定的合作辦法準時送到家中，以便開會時用。
5點多鐘，那廉君來到傅家，俞大綵以為眾人在家裡開會，自己不便打攪，準備外出去吃飯。
不久，傅的司機老楊氣喘籲籲地跑進來呼喊：“校長不行了，校長暈倒了！”俞大綵、那廉君等急忙驅車趕到省議會廳。
傅斯年被確診為腦溢血，隻能在議場內進行搶救。相繼趕來探視的黨政、學界人士三十餘人，其中包括劉世傑、陳誠夫婦、何應欽、程天放、羅家倫、吳國楨、朱家驊、雷震、杭立武、浦薛鳳、董作賓、李濟、薩孟武、毛子水、方東美、英千裡等人。
晚上九時三十分，一度有所好轉，血壓降低，體溫三十八度，接近正常。
羅家倫見狀，勸慰王世傑、陳誠夫婦先行回寓。
夫人俞大綵一言不發，隻是默默地用手帕在不停揩淚。不料，又出現反複，血壓陡增，體溫升至四十度，延至十一時二十分終告不治。
十二月二十日午夜一時十分，台北市大雨滂沱，陳誠、王世傑、朱家驊、程天放、陳雪屏、鄭通和等十餘人，跟隨在靈車的後麵，把傅先生的遺體，送到極樂殯儀館。
第二天，台大宣布停課一天，並下半旗致哀；第三天，移體大殮，送往火葬場火化。十二月三十一日，傅斯年治喪委員會、台灣大學假台大法學院大禮堂舉行追悼會，蔣介石親臨主祭。各界前往致祭者達五千人。