前邊，我們用較多的篇幅，介紹了傅斯年主政的“中央史語所” 第三組（考古學）的成就，毫無疑問，對殷墟和城子崖等遺跡的科學發掘，不但是傅斯年和“中央史語所”的卓越政績，當然也是蔡元培和中央研究院卓越政績。更是傅斯年和“中央史語所”，乃至蔡元培和中央研究院曆史貢獻。
第三組（考古學），隻是“中央史語所”的三個組中的一個，在第三組創造輝煌偉業的時候，第一組（曆史學）和第二組（語言學）也同樣在創造輝煌。
每說到傅斯年和“中央史語所”，人們不但會很容易聯想到殷墟發掘，也會聯想起“明清檔案整理”。
“明清檔案整理”也被稱為搶救“大內檔案”。
清內閣大庫，在舊內閣衙門之東，臨東華門內通路，素為典籍廳所掌。
清“大內檔案”也就是內閣大庫檔案，是指清朝政府存放在內閣大庫中的明末至清代的詔令、奏章、則例、移會、賀表、三法司案卷、實錄、殿試卷及各種冊簿等。
內閣大庫原編為六個號，禮、樂、射、禦四個號所藏全是明末至清代的檔案，書、數兩個號除收藏賦役書、命書、朱批諭旨、鄉試錄、殿試卷外，還藏有明朝文淵閣舊籍及各省府縣誌。
總的來說，內閣大庫所藏，書籍居十之三，檔案居十之七。其書籍，多明文淵閣之遺。
宣統元年（1909年），庫房損壞，這些檔案書籍被臨時搬放於文華閣兩廡和大庫外邊的庭院裡。露天堆放非長久之計，於是主管學部事務的大學士、軍機大臣張之洞奏請將其中書籍撿出，成立“學部圖書館”（中國國家圖書館的前身）保存。檔案部分被視為無用之物，經內閣會議討論後，擬予以焚毀。
這批檔案或許也有天意保佑。就在一眾太監計劃如何把這麼的“破紙”搬出去燒掉，還不能給宮裡造成空氣汙染而苦思冥想之時，時任翰林院檢討的著名書法家章梫，在一個偶然的機會來到了庫中。
聽到太監們的敘述，他覺得既然這些東西反正要銷毀了，閒來無事，在裡麵翻翻，說不定能找到什麼有價值的東西。
有心栽花花不開，無心插柳柳成蔭。章梫這一無意之舉在這其中找到了由宋代人留下的玉牒殘頁（簡單說就是宋版書），這使得章梫非常驚訝。他在向太監祝福暫時不要動這些東西後，急忙找到當時在學問與身份都極其顯赫的張之洞，向他說明原委。
張之洞又去找到在當時盛名在外的學者羅振玉，羅振玉通過閱讀殘頁上的文字，當即表示這與《宋史•藝文誌》中提到的文獻是一致的。羅振玉進一步認為，內閣大庫就是明代文淵閣的故址，定然有許多藏書遺留在其中。而張之洞又繼續詢問一些同僚，確定羅振玉所言是事實。
在此基礎之上，張之洞立即組織人員，到內閣大庫按照保存下來的明代文淵閣藏書目錄去尋找前人遺留下的古書，尤其是價值連城的宋版書。在這樣一種情勢之下，張之洞也急忙上奏，請求駁回，然後急忙去故紙堆當中“尋寶去了”。但是他們認為的寶貝隻是偶然所得的，更多的隻是明清普通的官方檔案，並沒有什麼價值。即便是張之洞這樣的碩學大僚，並沒有現代的史學價值觀念，在找不到他所期待的宋版書之後，也是悻悻地轉身離開了。而這批檔案雖然命令不讓燒毀，隻是繼續堆放在大庫當中。
辛亥革命後將這批檔案材料劃歸教育部曆史博物館收藏，於一九一七年全部移放於午門端門洞中，。
這些檔案被廢置在午門，不斷有人在好奇心趨勢之下，公或者私的原因，前來查看。但是不管是普通的官員還是有濃厚學術興趣的學士大夫，他們在看待這些檔案之時，都是注意能否從中找到一兩本宋版書甚至是殘頁，即便沒有宋版的，明版的也未嘗不可。所以一旦發現在這些檔案當中找不到自己想要的東西之時，便覺得沒有任何的價值了。
這其中最為有名的例子便是清末著名的藏書家傅增湘與這批檔案的故事，他在聽說到這批檔案的緣由後，多次勘探沒有發現他想要的宋版文獻，隻能默默離去，說明當時傳統的知識分子對於近代以德國為主，興起的利用官方檔案研究曆史的學術觀念，基本處於茫然無知的狀態
後來教育部曾兩次派人進行“整理”，將一些比較整齊的材料翻撿出來，其餘的則胡亂堆放，使之更加殘破散亂，被盜竊之現象亦更為嚴重。
一九二二年，曆史博物館方麵經費短缺，於是在這批檔案上打起了主意。把它們裝進了八千個麻袋裡，總計重量十五萬斤，以“爛字紙”之價格，計四千大洋，賣給了北京的同懋增紙店。
該紙店又改用蘆席捆紮成包，準備運至定興、唐山兩地重新造紙，同時從中挑出一些較為整齊的案卷，拿到市場上出售。
羅振玉聞訊後，急以三倍之價贖回。將已運往定興的部分重新運回北京，運至唐山的部分改運到天津存放。
他曾雇人對某些案卷進行了整理，編印成《史料叢刊初編》10冊。以私人之力，全麵進行整理絕無可能，長期存放，其財力實亦難及。羅氏計無所出，隻好轉售他人。據傳外國人有欲出重金購買者。
一九二四年，李盛鐸以一萬六千元價格購得，於北平、天津分彆賃屋存放。
李盛鐸（1859年—1934年），字義樵，又字椒微。號木齋，彆號師子庵舊主人，師庵居士等。晚號麂嘉居士。江西省德化縣（今九江市）東鄉譚家畈人。
李盛鐸五歲開始讀經作詩文，十一歲讀《說文》《經典釋文》及《四庫全書總目提要》，十二歲開始購書、抄書、校書，曾刻《範家集略》等行世，十七歲已在江西文壇小有名氣。二十歲時與歸安石子韓宗建合編刊成《儷青閣金石文字》。光緒五年（1879年）鄉試中舉。光緒十五年會試中甲進士，授翰林修編、國史館協修。光緒十七年，南鄉試副考官，次年三月，奉旨以禦史用。
甲午戰敗，李盛鐸恨“國地日割，國權日削，國民日困”，想“維持振救之”，乘各省舉人會試於京城之際，公開出麵與康有為在北京發起並組織保國會，即：“保國家政權土地、保國人種類之自立、保聖教之不失。”保國會數次遭到彈劾，形存實散，未得善終。
同年九月，李盛鐸奉旨受賞三品禦銜，以四品京堂候補。
戊戌變法後，盛鐸被任命出使日本大臣。光緒二十六年，義和團事起，李盛鐸回國，補授內閣侍讀學士，十二月授順天府府丞。光緒三十年八月，署理太常寺卿。
光緒三十一年，清廷派遣親貴戴澤、戴鴻慈、李盛鐸、徐世昌等五大臣分赴東洋西洋各國考察政治，以為立憲之預備。次年六月諸考察政治大臣先後回國，奏請朝廷宣布立憲。考察事畢，李盛鐸出使比利時。宣統元年（1909年）十月回京複命，仍回順天府任府丞。
宣統三年，改任山西提法使，施改山西布政使，旋晉升山西巡撫（一說兼護府理山西巡撫）。
辛亥革命後，李盛鐸被聘為大總統顧問，並先後擔任了參政院參政、國政商榷會會長等職。在此期間，纂修了一部家鄉縣誌——《德化縣備考》，今科學院圖書館藏有其稿本。
晚年，李盛鐸寄居天津作寓公，不再過問政事，唯往來於京津書肆，一意收集古籍。成為中國近代最負盛名的藏書家。
到了一九二七年，李盛鐸經濟情況不好，已經難以支付存放“大內檔案”的房租，且所租房屋漏雨，損及書冊，乃急欲轉賣。
當時平津學人雖知這批材料價值甚大，但均以價格太高且難以保存整理而未敢購買，時日本人又開始打這批文物的主意，並有所行動。
傅斯年開始關注“大內檔案”，緣於一九二八年他留學歸來在廣州中山大學任教期間。此時傅傅斯年正在籌備成立中央研究院曆史語言研究所。