雨隱村永遠籠罩在悲傷的雨絲之中，沒人知道大陸上囂張跋扈的強大叛忍組織‘曉’就藏身在這裡。
曉組織剛組建的時候有三個忍者，正是自來也教導過兩年的彌彥，長門和小南。彌彥從自來也身上學會了守護和平的理念，於是和兩個好夥伴成立曉，立誌改變忍者世界，不再讓二戰這樣的悲劇發生。
二戰的主要戰場就是他們居住的雨之國，當初被稱為忍界頂點的山椒魚半藏以小村之力挑戰木葉，試圖撬動五大國的格局，最後慘敗，雨之國國力衰敗，雨隱村也是慘不忍睹，路有凍死骨，河水滿餓殍。
在亂世中成長起來的三人希望自己的組織可以成為國家的希望，所以以‘曉’為名。三個年輕有為的少年也確實一度影響了整個村子，卓有功效，吸引了很多年輕的忍者加入他們。
然而一個發展迅猛的強力組織必然會引起統治者的注意，特彆這個組織的理念還和統治者的想法相悖的時候。
山椒魚半藏有自己的野心，而曉組織卻不想發動戰爭。曉組織的存在在山椒魚半藏看來就是麻痹雨隱村的毒·品。加上誌村團藏的煽風點火，最後山椒魚半藏終於對曉出手。
山椒魚半藏先欺騙小南，將她控製作為人質。然後又在包圍圈裡以小南生命為威脅，要彌彥和長門自相殘殺。最後彌彥自己撞上了長門的苦無死去，好友的慘死激發了長門的輪回眼，山椒魚半藏這位年邁的忍界頂點也隻能含恨而死。
可以說本來事情到這裡還有餘地，然而長門這個本來就沒有目標的男人接過了彌彥的遺願，成為了曉的領導，開始將‘曉’變為恐怖組織。
當然長門也並不是一開始就黑化的，在暗中還有一個人影響著他，就是宇智波帶土。開始宇智波帶土是按照宇智波斑的安排和曉組織接觸，因為長門的輪回眼就是斑移植給他的。斑知道自己快死了，在和初代目一戰之中他也傷的不輕，所以他安排了複活事宜。隻要使用輪回眼的秘術，就能讓人起死回生。
而這雙輪回眼正是宇智波斑一生中最高的成就，直到生命的儘頭才覺醒的終極武器。
斑一開始就選擇長門，後來更是希望把‘曉’變為一個為了複活他而活動的組織，當然作為報酬他將會為曉實現‘永恒的和平’。
彌彥活著的時候表示十分感動但拒絕了，他從自來也身上學到和平是需要自己雙手來爭取和守護的，並沒有捷徑。
然而彌彥死了，證明他堅持的理念錯了。如果還是希望和平的話，長門必須要另辟蹊徑，於是他聽從帶土的建議，終於走上了斑安排的道路。
此時小南站在雨中，腦海裡抹不掉那些無辜孩童慘白的麵龐，那些年輕的生命就這麼逝去了，就好像被驟雨摧殘凋謝的花朵，被他們親手打落。
一直以來堅信自己能帶去和平，可是現在看‘和平’的代價或許是他們不能付出的。還有曉組織的那些叛忍，難道沒有一點人性麼？看到這麼多孩子死去竟然無動於衷，小南動搖了。
淅淅瀝瀝的雨中，帶土躲在暗中觀察。他能感到小南的心境變化，其實他也很震驚，不知道誰會用這樣的手段。
不過帶土能確定，這種行為並不是要打敗曉，而是要從心理上瓦解曉的成員，其心可誅。這個大陸上能做到這個的恐怕並沒有幾個人，就算是擅長幻術的宇智波家族也沒有人能做到，帶土的腦海裡浮現出了一個許久不見的‘熟人’——杜蘭。
但沒有證據，而且現在幕後黑手已經不重要了，重要的是必須要完成斑的計劃，到時候所有人都會得到幸福。
帶土也是有個故事的人，他也是被斑陷害才成為斑的繼承人的。
當然斑也有故事，他所做的一切也並非他自己一個人完成的，他有一個名為‘絕’的合作夥伴。
還是當然，絕也不是一般人，他是幕後boss大筒木輝夜的一個小小分身，他的目的不是為了幫斑建造大同社會，而是為了複活大筒木輝夜。
這一環扣一環的，簡直就是個傳銷組織，忽悠一個算一個。絕忽悠斑達成‘無限月讀’，斑將這個目標和帶土共享，然後帶土打了一個折扣去忽悠長門，複活斑是目標，永恒和平是報酬。
帶土想到杜蘭不是沒有依據的，這幾年裡，他總覺得在看似光明的木葉中隱藏這一抹比黑洞還要黑的陰影。大陸上出現的那些稀奇古怪的通靈獸還有各種古怪的技巧都是杜蘭出現之後才出現的，這一切一定都有聯係。
而且綁架孩子，把他們當做炮灰來打擊曉成員的心理防線，這種惡毒的辦法絕對不是一般人能想到和辦到的，想來想去除了杜蘭之外沒有其他人。因為杜蘭真的無所不能，帶土知道要完成‘無限月讀’計劃，杜蘭絕對是最大的敵人。
沒有理由，就是這麼覺得。
又有人來了，帶土繼續暗中觀察，原來是長門控製的彌彥屍體製成的傀儡來開導小南。
長門知道他們遇上了最惡毒的敵人，但敵人越是惡毒他們就越要打起精神：“小南，正是因為世界上有那種人，我們才更應該堅定自己的道路。”
“可是……”小南心說可以繼續走下去，但走下去的話，他們到底還要犧牲什麼？現在先是幾百個孩子，然後呢？他們可以把整個世界都作為和平的祭品麼？一個聲音告訴小南，和平不是這樣的。
“我們沒有選擇，難道你還沒有看清這個渾濁的世界麼？他們是不會理解我們的痛苦的，隻有等他們品嘗完我們體會過的痛苦，他們才會珍惜和平。”長門控製彌彥屍體說道，這具傀儡的名字就叫做‘六道佩恩’。
佩恩，就是痛苦的意思。
……小南以前很認同這點，她認為其他人經曆了痛苦之後也會變得和他們一樣，這是以己度人。但這一次她卻認為不能繼續下去了，敵人的惡毒超乎想象。再如此發展下去，其他人沒有感受到痛苦，曉組織的人就先要失去做人的資格了，到時候他們還有什麼資格為世界爭取和平？但她知道自己說服不了長門，所以沉默了。
小南知道現在隻能由自己找出幕後黑手，阻止他，這樣曉組織才能繼續下去。否則曉組織將會和幕後黑手一樣罪孽深重，為了同伴她必須有所行動：“我知道怎麼辦。”她要去阻止幕後黑手和曉成員繼續造孽。
佩恩看了小南一眼，微微點頭，他知道小南的想法，也支持。