沈軒和團隊帶著邊境小鎮救治的成果與感悟回到江城，還未來得及好好休整，便全身心投入到罕見病治療經驗的梳理與研究中。一天，沈軒如往常一樣在中醫研究院的古籍館中查閱資料，試圖從浩如煙海的古書中找到更多關於類似病症的記載，為後續研究提供思路。
古籍館內彌漫著陳舊紙張特有的氣息，陽光透過斑駁的窗戶灑在一排排書架上。沈軒在一個偏僻的角落，發現了一本從未見過的古籍，封麵古樸，刻著《靈樞醫典遺篇》幾個大字。他好奇地翻開，剛一打開，一股神秘的氣息撲麵而來，古籍內的文字竟似有生命一般，閃爍著微光。沈軒心中一驚，仔細研讀起來，發現其中記載了諸多失傳的中醫針法與方劑，更有一段關於上古醫道傳承的隱秘記載。
書中提到，在遠古時期，有一位神醫掌握著超凡的醫術，能溝通天地靈氣，治愈百病。他將畢生所學封印在一處神秘之地，等待有緣人開啟，以傳承醫道，普救世人。沈軒正看得入神，突然古籍光芒大盛，一道光束直射入他的眉心。刹那間，沈軒隻覺腦海中湧入大量信息，關於上古針法的精妙運用、方劑的神奇配伍，以及一些從未聽聞的醫理知識。他呆立原地，許久才緩過神來，心中明白，自己竟意外獲得了這上古醫道的傳承。
與此同時，江城突發一場詭異的疫病。患者們高熱不退，皮膚出現奇異的紋路，精神萎靡，口中喃喃囈語，似被什麼邪祟附身。普通的藥物對此疫病毫無作用，患者數量迅速增加，醫院人滿為患，整個城市陷入恐慌。沈軒得知消息後，立刻放下手中的研究，帶著團隊奔赴抗疫一線。
在醫院裡，沈軒看到一位年輕患者，麵色潮紅，眼神迷離，正痛苦地掙紮著。患者的母親在一旁哭泣：“醫生，救救我兒子，他昨天還好好的，今天就變成這樣了。”沈軒走上前，運用新獲得的上古醫道知識，仔細觀察患者的症狀。他發現患者的脈象紊亂，體內似有一股神秘的力量在肆虐，破壞著氣血運行。沈軒心中一動，想起古籍中記載的一種針法——“靈犀鎮邪針”，或許能克製這股邪氣。
沈軒取出銀針，在手中輕輕轉動，銀針竟微微顫動，似與周圍的天地靈氣產生了共鳴。他迅速找準患者身上的穴位，施針而下。隨著銀針的刺入，患者的掙紮漸漸停止，臉上的痛苦之色也有所緩解。一旁的團隊成員們驚訝地看著這一幕，他們從未見過如此神奇的針法。一位年輕的醫生忍不住問道：“沈老師，這是什麼針法？怎麼如此神奇？”沈軒一邊施針，一邊解釋道：“這是上古流傳下來的針法，通過刺激穴位，調動人體自身的正氣，以抵禦邪氣入侵。這疫病來勢洶洶，普通針法難以奏效，唯有此針法或許能破局。”
然而，並非所有患者都能通過一次施針就好轉。一位重症患者在施針後，病情雖有短暫緩解，但很快又再次惡化。沈軒皺起眉頭，陷入沉思。他再次查閱腦海中的上古醫道知識，發現對於這類重症患者，還需配合一味特殊的方劑——“清靈祛疫湯”。這方劑的藥材極為罕見，其中一味“靈犀草”，據說生長在人跡罕至的深山之中，極為難尋。
沈軒決定親自去尋找靈犀草。江婉清得知後，堅決要一同前往：“沈先生，這一路危險未知，我不放心你一個人去。而且我也想為救治患者出份力。”沈軒拗不過她，隻好答應。兩人在當地向導的帶領下，踏入了深山。山林中荊棘叢生，道路崎嶇，時不時還傳來野獸的吼聲。江婉清雖有些害怕，但看著沈軒堅定的背影，心中湧起一股勇氣。
經過幾天的艱難跋涉，他們終於在一處山穀中發現了靈犀草。靈犀草散發著淡淡的藍光，周圍彌漫著一股清新的氣息。沈軒小心翼翼地采摘下靈犀草，興奮地對江婉清說：“婉清，找到了！有了這靈犀草，患者們就有救了。”江婉清看著沈軒臉上的疲憊與喜悅，心中滿是感動。
回到醫院後，沈軒立刻按照古籍中的記載，熬製“清靈祛疫湯”。他親自守在藥爐前，嚴格控製火候和時間。藥湯熬好後，他為重症患者們一一喂下。在藥物和針法的雙重作用下，患者們的病情逐漸好轉，高熱退去，皮膚紋路也慢慢消失。
然而，這場疫病似乎並未那麼簡單。就在大家以為疫情即將結束時，又出現了新的情況。一些康複的患者突然再次發病，而且症狀更加嚴重，體內的邪氣變得更為強大。沈軒意識到，這疫病背後似乎隱藏著某種未知的力量，在操控著一切。
為了徹底弄清楚疫病的根源，沈軒決定深入研究患者體內的邪氣。他運用上古醫道中的“靈視之術”，集中精神，觀察患者體內的氣息流動。在一次觀察中，他發現患者體內的邪氣竟與城市地下的某種能量波動產生了共鳴。沈軒推測，可能是城市地下存在著某種古老的封印，因某些原因被破壞，導致邪氣外泄，引發了這場疫病。
沈軒將自己的發現告知團隊成員和相關部門。大家經過商議，決定尋找解除封印、徹底消除邪氣的方法。在古籍的指引下，他們得知需要找到三顆上古靈石，分彆代表著金、木、水三種元素，利用靈石的力量重新封印邪氣。
尋找靈石的過程充滿艱辛。第一顆靈石據說在一座廢棄的礦山中，那裡地形複雜，還有許多危險的陷阱。沈軒帶領團隊成員深入礦山，在黑暗中摸索前行。突然，一陣劇烈的震動傳來，前方的道路塌陷，出現了一個巨大的裂縫。一位年輕的成員嚇得臉色蒼白：“沈老師，這可怎麼辦？”沈軒鎮定地說：“大家彆慌，我們仔細找找，一定有其他路可以繞過去。”經過一番尋找，他們終於找到一條狹窄的通道，艱難地通過了塌陷區域。
在礦山深處，他們終於找到了第一顆靈石。靈石散發著金色的光芒，蘊含著強大的力量。沈軒小心翼翼地將靈石收好，繼續踏上尋找第二顆靈石的征程。
第二顆靈石在一片神秘的森林中，森林中迷霧彌漫，充滿了各種未知的危險。團隊成員們在森林中迷失了方向，食物也所剩不多。江婉清有些擔憂地說：“沈先生，這樣下去不是辦法，我們得想個辦法走出這片迷霧。”沈軒閉上眼睛，運用上古醫道中的“靈覺之法”，感知周圍的氣息流動。片刻後，他睜開眼睛，指著一個方向說：“跟我來，這邊應該能找到出去的路。”在沈軒的帶領下，大家終於走出了迷霧，找到了第二顆靈石。
第三顆靈石位於一座冰封的雪山之巔。雪山上寒風凜冽，積雪深厚，攀爬十分困難。一位成員在攀爬過程中不慎滑落，沈軒眼疾手快，迅速拋出一根繩索，將他拉了上來：“大家小心，這雪山路滑，一定要注意安全。”經過艱難的攀爬，他們終於登上了雪山之巔，找到了第三顆靈石。
集齊三顆靈石後，沈軒按照古籍中的方法，在城市中心的一處古老祭壇上，運用靈石的力量重新封印了邪氣。隨著封印的完成，城市中的疫病迅速消退，患者們徹底康複。
江城恢複了往日的平靜，人們對沈軒和他的團隊充滿了感激。沈軒知道，這隻是他醫道征程中的一次曆練，未來還會有更多的挑戰等待著他。而他獲得的上古醫道傳承，將成為他守護世人健康的強大助力。他與江婉清的感情，也在這次曆經生死的冒險中，變得更加堅不可摧。在未來的日子裡，沈軒將繼續憑借著對中醫的熱愛和執著，以及上古醫道的智慧，在醫道之路上砥礪前行，為更多的患者帶去希望的曙光。