雲南布政使司駐地為雲南府。雲南下轄共二十二個府，這些府包含了三十八個散州和二十四個府屬縣，同時還有五個不轄縣的直隸州。單看府的數量並不多。但是...明朝一共才有一百六十三個府。僅雲南一省的府數就占了總數量的百分之十三！??.??????????.??????之所以設置這麼多府，原因是當地土官數量太多。有明一朝，共在雲南共設置了三百三十多家土官。土官又稱土司、土酋。是朝廷賜給當地少數民族首領的職務。土官主要集中在西北和西南等少數民聚集地，分文職和武職。武職分彆有宣慰使、宣撫使、安撫使和招討使等；文職則有土知府、土知州、土知縣等。不管是文職土司還是武職土司，都歸吏部管理。朝廷會給予符印證明其官方身份，土司則向朝廷繳納賦稅並承擔征發。除此之外，土官還在其轄區內擁有絕對的統治權力。簡單來說這些土官就是當地的土皇帝。精明能乾且忠誠的土官確實能幫助朝廷治理好地方。例如馬千乘，秦良玉夫妻。但是如果土官叛亂，將會給朝廷帶來非常大的麻煩。如播州之役的楊應龍，奢安之亂的奢崇明和安邦彥。他們的叛亂不但讓當地百姓流離失所，還讓大明財政陷入了危機，將大明拖入泥潭。麵對土官的威脅，大明朝廷自永樂時期就開始了改土歸流。（改土歸流的意思是廢除當地土司製度，像內地一樣改由朝廷委派流官治理，又稱改土官為流官。）永樂十一年，平定貴州思南和思州的叛亂後，朱棣廢除了兩地的土司製度，改由流官治理。平定這次叛亂的經過帶有一絲傳奇色彩。朱棣為了平定這次叛亂準備了五萬大軍。結果根本沒用上。在大軍出發的同時數百錦衣衛也從京師出發，先大軍一步潛入了思南和思州。孤軍深入的錦衣衛在思州城擒獲了思州宣慰使田琛，將其押解進京。另一夥錦衣衛更厲害。他們翻山越嶺來到思南地區，悄悄摸進思南宣慰司衙門大院，抓獲了將正在睡夢中的思南宣慰使田宗鼎。由於在撤離途中被敵人發現，錦衣衛隻能將其活活捅死然後揚長而去。其後的成化，正德，嘉靖，萬曆，天啟都進行了不同程度的改土歸流。到了崇禎年間。在內憂外患的困擾下。大明朝廷暫時停止了改土歸流，試圖用這種方式換取這些地方的安寧。麵對西南土司問題，崇禎試想過先發製人。但也僅僅停留在試想階段。雲南的情況比貴州、廣西還要複雜。