毫無疑問，在中央曆史語言研究所發展史上，抗日戰爭全麵爆發是一個轉折點。自1928年至1937年抗日戰爭全麵爆發前，無疑是史語所迅速發展的黃金時期。
殷墟的15次考古發掘，內閣大庫檔案的收藏整理，大量的民族學、語言學資料的調查，語言學實驗室的建設……
這些可以彪炳史冊，具有劃時代意義的大事，就是隻做這其中的一個，也是可以值得終身炫耀了，而這一樁樁，一件件，竟是這樣的讓人目不暇接！
可以想像，如果沒有戰爭，如果是處於太平盛世，傅斯年領軍下的中央曆史語言研究所，會創造怎樣的輝煌呀！
然而，戰爭把這美好的一切都破壞了。
上一章說到了，在1937年8月17日的國防參議會最高會議上，為了躲避戰亂，傅斯年堅決主張中央研究院各研究所以及平津重點大學南遷，他的這個提議，得到了多數與會者的響應與支持，這一點，會後很快形成了政府決議。
這也就正式宣布，中央研究院各研究所和平津重點大學開始南遷。
而在這特彆艱難困苦的時期，中央研究院的院長蔡元培又身患重病，正在滬治療。而中央研究院名義的二號人物，總乾事朱家驊，正做為新任浙江省政府主席而坐鎮東南，根本無暇顧及中央研究院的事務。也就是說，不但是中央曆史語言研究所，就是中央研究院的擔子，也全部壓在了傅斯年這個代理總乾事的身上。這麼大的一個機構，無論是人還是物都是國寶級的機構，在戰亂中搬家容易嗎！這時候的傅斯年，可是忙得一塌糊塗。而他的管事能力，也可以說是發揮到了極致。
在中央研究院各研究所之中，最難和最複雜的還是史語所，不說彆的，光是15次從殷墟中發掘出來的那些東西，多大的量呀，而哪一件損壞，都無法彌補呀！還有內閣大庫的檔案，那麼多的圖書、資料。
對了，還有正在規劃中的中央博物院裡的國寶，哪一件不是價值連城！
根據國民政府的命令，中研院各研究所與平津兩地大學一起遷至湖南長沙。
其實，正如胡適所說，傅斯年“能做最細密的繡花針工夫……最有條理”，早在淞滬會戰之前，史語所考古組已根據戰局演變，開始對曆次發掘的器物打包裝箱，準備內遷。
據史語所《大事記》民國二十六年七月條：“本所隨本院南遷，先選裝最珍貴中西文圖書、雜誌及善本書共六十箱，首批運往南昌農學院，其餘一千三百三十三箱分批運往長沙。但部分殷墟出土的人骨、獸骨及陶片等，限於運輸工具，暫留原址。”
八月條：“本院組織長沙工作站籌備委員會，本所遷入長沙聖經學院，所長傅斯年仍留南京，派梁思永為籌備會常務委員。”
遷到長沙後，史語所寄駐在長沙城東邊的聖經學校和韭菜園子，北大、清華、南開三所高校籌組了“長沙臨時大學”，也借用聖經學校上課。
1937年12月，日本開始向武漢進攻。大戰在即。而長沙與武漢隻有300多公裡，一旦武漢失守，長沙必遭攻擊。
麵對危局，1938年1月中旬，根據國民政府的指令，長沙臨時大學遷往昆明，另行組建西南聯合大學。同時，中研院總辦事處電令史語所向昆明轉移。
據《史語所大事記》1937年12月條：“議遷昆明，圖書標本遷昆明者三百六十五箱，運重慶者三百箱，運桂林者三十四箱，待運漢口者兩箱，等運香港者五十二箱，其餘六十多箱且封存於長沙”。一切安排完畢，史語所人員押送三百餘箱器物，先乘船至桂林，經越南海防轉道抵達昆明。
1938年1月，趙元任等語言組的人員到達昆明，在拓東路663號建立辦事處。很快，人類學組、考古組和曆史組的人員亦先後抵達昆明。拓東路的房屋不夠使用，又租下青雲街靛花巷3號作為辦公地點。
7月，史語所集中在靛花巷3號辦公，附近的竹安巷4號則作為職工宿舍。由於日機轟炸昆明城，10月，史語所疏散到城郊的龍頭村及其周圍地帶，四個組分彆在棕皮營的響應寺及龍頭書塢、瓦窯村的普慧庵、龍頭村的彌陀寺、寶台山的觀音殿。
剛剛安頓下來，傅斯年和他的同事們就開始了緊張的工作和研究。
在昆明期間，傅斯年除了承擔著繁重的行政事務之外，完成和出版了其代表作《性命古訓辨證》、發表了《序》、《我所敬仰的蔡先生之風格》及多篇時論文章。
同時，帶領曆史組有序的對《明實錄》和內閣大庫檔案進行校勘整理，他本人親自校勘《太祖實錄》36卷。
陳寅恪到昆明後一直住在靛花巷3號，他為他的住處起了個有詩意的名字，叫做“青園學舍”。他在這裡曾大病一場，但他的重要學術著作《隋唐製度淵源略論稿》就是在此期間完成。
語言組帶著1936年春季調查湖北方言資料，到昆明後，在趙元任的主持下下，寫成了《湖北方言調查報告》。在此期間，語言組對雲南方言進行過大規模的調查，參加調查的主要有丁聲樹、董同龢、楊時逢等人。先後調查了雲南省98個縣、123個方言點，幾乎覆蓋了全省。這些調查材料由楊時逢整理編撰成《雲南方言調查報告》，1969年在台灣出版。趙元任為之作序。這部書全麵記錄了20世紀40年代雲南各縣漢語方麵的狀況，語言描述精確，且有方言與古音的對照，是漢語方言比較研究及語言史研究的珍貴資料，深受學界好評。
語言組中的昆明人、音韻學家董同龢根據調查材料寫成《保山話記音》。
李方桂很早就開始研究少數民族語言。30年代初期曾調查過廣西的壯族語言和瑤族語言，這期間又對貴州的侗族、水族語言和雲南的壯族、傣族語言進行調查研究。這些為其日後的重要著作《比較傣語手冊》和多篇論文的寫作，積累了寶貴的材料。
羅常培則在1938年發表《昆明話和國語的異同》一文，係統地闡述了昆明話的特點。以後又發表《雲南之語言》，這是第一篇運用現代科學方法全麵研究雲南語言的論文，對雲南方言及少數民族語言的地位、特點、分區及係屬等進行深入的分析和闡發，這篇文章在雲南語言學術史上具有重要意義。
考古組在李濟的領下，開展殷墟陶器研究，為編製《殷墟陶器圖錄》做了大量富有成效的工作。李濟本人在龍頭村主要進行殷墟各類陶片吸水比重實驗，研究成果後來發表在《殷墟器物甲編：陶器（上輯）》中。在此期間，李濟被推選為雲南民族學會會長，兼任雲南大學教授。他還兼任著“中央博物院”籌備處主任，這時“中央博物院”籌備處設在竹園村，那裡也有大量的工作要做。
董作賓在完成《甲骨文斷代研究例》後即著手編撰《殷曆譜》。這是一部利用甲骨文資料研究商代曆法，進而研究商代紀年的宏大工程，涉及多方麵的知識和大量的計算，有相當的難度，在輾轉遷徙過程中董先生一直堅持研究，前後十年，終成名著。
正如傅斯年在其序中所說，“發乎勇，成乎智”，“昔在昆明彥堂（董作賓）始為祀譜其好合之妙，不特見者驚之，即作者亦自驚也。”
梁思永研究西北岡的銅器，將銅器高低、頂部寬窄在旁畫圖注明。
胡厚宣曾以3個月時間寫成《卜辭中所見之殷代農業》，達10餘萬字，引用卜辭二千餘條，後編入《甲骨學商史論叢》續集第一冊，受到學界高度評價，被譽為“長篇巨製，氣象萬千”。
吳金鼎與王介忱、曾昭燏等開展大理洱海一帶的考古，從1938年11月至1940年6月，發現史前遺址21處，發掘了其中的5處，寫成《雲南蒼洱境考古報告》，對於認識中國西部地區的史前文化作出了開創性的貢獻，並奠定了西南史前考古學的基礎。這份報告於1942年中央博物院出版。
人類學組主在吳寶良帶領下，先後開展了“中國人顱骨研究”、“丁文江遺著整理”、“殷墟顱骨研究”、“各族下顎骨頦孔位置比較”、“羅羅體質分析”、“中國人蹠骨與跗骨之比較”、“中國人發旋之統計”、“雲南頭骨研究”、“貴州苗夷血液型研究”、“國族體質分類”、“擺夷體質研究”、“昆明人鎖骨之研究”等方麵的研究工作。
淩純聲和芮逸夫密切合作，在龍頭村，他們整理撰寫《湘西苗族調查報告》。這是介紹湘西苗族的第一部學術著作，50餘萬字，經過反複修改，直到1947年才由商務印書館出版。淩純聲先生作為“內政部”聘請的專家，編寫出《西南邊區民族調查表》，並參與籌劃全國風俗簡易調查，起草調查表等。他撰有《中國邊疆之土司製度》、《雲南民族之地理分布》、《孟定——滇邊一個瘴區的地理研究》等著作。