1929年春，史語所遷至北平後，傅斯年立即著手籌劃對這批明清檔案的整理。
首先，無論從哪個角度看，這些分散的檔案，還是集中到一處整理的好。而十二多萬斤的紙張，光存放保管就需要不小的地方，何況還要進行整理。為了找到合適的地方，傅斯年可是下了一番功夫。找來找去，他看好屬於曆史博物館的午門樓。
經過一番操作，一直到這一年的7月，由教育部出麵將此房舍撥給中央研究院，再由中央研究院決定，交由曆史語言研究所使用。
地方有了，傅斯年隨即找人對午門東西廊房進行了簡單的整修，擬作為為工作室之用。同時購進了整理用具。
與此同時，傅斯年派人將存放於天津的部分，運回北平。存放北平的部分，也陸續運到午門樓。待平津兩地檔案陸續運至，傅斯年已經組織起了“曆史語言研究所明清史料編刊會”，他與陳寅恪、朱希祖、陳垣、徐中舒5人為編刊委員。
明清檔案整理，無疑應當是第一組（曆史學）的業務。陳寅恪博作為第一組的主任，理當由他來主持這項工作的。
這樣特殊的檔案整理，無疑對人的學識水平要求是很高的。這對於博學多識，精通滿蒙文字，長於文史考證的陳寅恪來說，自然是得心而應手。但是，一方麵，陳寅恪當時雖已出任史語所第一組主任之職，卻仍在清華、北大兼課，時間上很難不與檔案整理發生衝突，另一方麵，陳寅恪這位學問大家，組織領導和許多事務的張羅，恐怕並非其所長。
對這樣大的量的檔案的整理，需要人手，也就需要對人的組織領導，加之後勤保障等繁雜的事務，光靠陳寅恪這個第一組的主任肯定是勉為其難的。包括檔案整理之規劃，人員的組織和安排，實際上很多都是由傅斯年包辦的。
朱希祖是北京大學的教授，傅斯年的老師，他曾用心采輯明季史事，參加過北大所接收的清內閣檔案的整理，在這方麵很有經驗。
陳垣當時是故宮博物院理事，掌文獻部，曾領導、規劃清宮檔案的分類整理，是這方麵的專家。他擬定的《整理檔案八法》，即分類、分年、分部、分省、分人、分事、摘由、編目，仍為這次檔案整理基本指南。他們二人名為編輯委員，實為傅斯年所聘之高級顧問。
而關於檔案收藏、整理、刊布等大政方針的製定和執行，也都是傅斯年在居中謀劃。而具體之業務活動，則多由本史語所第一組的研究員徐中舒具體負責。
徐中舒（1898年10月15日—1991年1月9日），初名道威， 安徽省懷寧縣今安慶市人。中國現代著名曆史學家、古文字學家。1926年畢業於清華大學研究院國學門，師從王國維、梁啟超等著名學者
1928年起，先後在複旦大學、暨南大學、中央研究院曆史語言研究所、北京大學任教授、研究員。1937年，應中英庚款與四川大學的協聘，來到四川大學曆史係，除短期在武漢大學、華西協合大學、燕京大學、中央大學兼課外，終身執教於此。
1949年以後，徐中舒又先後擔任過中國科學院哲學社會科學部學術委員、國務院學位委員會委員等職。曾任中國先秦史學會理事長。
徐中舒博涉民族史、地方史、明清史、中國文學史等領域，將之融鑄一爐，相互參證，在國際學術界享有盛譽。在文字學方麵，徐中舒的《金文嘏辭釋例》一書乃是治金文者的必讀參考資料。他主編的《漢語大字典》是目前收錄文字最多、釋義最全的漢語字典，成為中國辭書出版史上一座裡程碑，而他主編的《甲骨文字典》則被認為是甲骨學史上劃時代的巨著。
當然，這為後話。
9月底，這次為整理檔案專門招聘來的20多名檔案整理人員，分成6個小組，整理工作也隨之而全麵展開。
至1930年7月，這批檔案已清理出十之七八，其餘部分均已破爛不堪，不少是片紙隻字，無法連貫，整理起來十分困難。他們把這些未經整理的檔案重新裝入麻袋，打算日後再作處理。
在清理這批檔案的同時，傅斯年製定了一個龐大的出版計劃。他準備一邊進行清理、分類、編目，一邊刊布印行《明清史料》，將整理所得公之於世。
他在《〈明清史料〉發刊例言》中寫道：
“此所刊布，皆整理中隨時撿出，以為值得流通於世間者。最完美之辦法為俟整理完事，再將一切認為可以刊印之篇，詳加彆擇，以類相從，附以考證而刊行之。如此可為一個整個之製作。然似此事業，完工不可期之於十年之內。國內學人近年已甚注意檔案一類之直接史料，不予刊布，無以答同祈求者之望。且訂定考證之業，參加者多，成功益美。若先將“生材料”按月刊布之，則據以工作者不限吾等，憑作參考者不分地域，於是不待整理完功，先分期刊行之。”
按照這個原則，曆史語言研究所於1931年將首批整理的檔案公開刊布印行，取名《明清史料》。此次印行者稱之為“甲編”，共有10冊。
第1至6冊乃整理檔案時隨意撿出的文件，包括明季邊情，有關騷亂反叛事件的奏章、題本及沈陽舊檔等。其中以順治朝奏章為最多，涉及到鄭成功、李定國、洪承疇等重要人物的史料皆有選錄。
第7冊為朝鮮史料。
第8至10冊乃明季邊情方麵的文件。
1936年出版乙編、丙編各10冊。
乙編第1至6冊錄明季邊情文獻。
第7、8、9冊錄東南沿海一帶的海盜、山賊、紅夷、倭患及黔、滇、川三省的土司文獻。
第10冊錄農民起義方麵的文獻。
丙編第1冊為沈陽舊檔，第2冊為洪承疇奏章，第3至10冊為順治朝奏章。
以上三編30冊均為線裝，由商務印書館印行。
抗日戰爭爆發後，檔案的整理、出版工作均告停頓。
抗日戰爭勝利後，丁編10冊的篇目內容已經選定，但因時局動蕩，遲遲未能付印。後來還是在1951年，由中國科學院整理後，交商務印書館刊印麵世。內容包括有關鄭成功的史料、明季邊情的文獻，康熙朝奏章和三藩之亂的若乾文獻。
抗日戰爭爆發後，史語所取檔案中之精華部分（約占原有件數的三分之一）隨所搬遷。
1948年底1949年初，史語所遷至台灣的楊梅鎮，這批檔案則隨之運台。
自20世紀50年代中葉至70年代，史語所繼續刊印《明清史料》之戊、己、庚、辛、壬、癸各編。自甲編至癸編共100冊，收錄史料10000頁。另外還刊印了李光濤等人選編的《明清檔案存真選輯》三集。
運往台灣的清內閣大庫檔案共有31萬件，至80年代中期已經整理出7萬多件。約有三分之一的檔案因腐爛黴變、水漬蟲蛀而成為殘屑碎片，另有三分之一未開箱檢視，存於史語所傅斯年圖書館的地下室中。
1986年之後，因得到聯經出版事業公司等單位的資助與合作，刊布印行之速度加快，至上世紀90年代中期，已出版近300冊。這批珍貴檔案資料的整理被列為台灣曆史語言研究所的三大工程之一，準備將這些檔案建成影像檔，為人們提供網絡檢索與閱讀的便利。
雖然，這其中很多的成果，已經是傅斯年離開中央史語所，甚至是他離世之後的事情。但可以想象，如果傅斯年泉下有知，一定會十分快慰。